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吳密察說，為了讓國史館與檔案局同步，他拜訪過檔案局兩次，對方說，他們也曾去函法務部申請函釋，函釋後確實就是說，非中華民國國民不可申請借閱資料；至於外國人則依據平等互惠原則開放，而中國大陸地區一直沒有對我方開放資料查閱，因此國史館作法只是依法行政。

國史館大量收藏1949年之前政府相關檔案，一直是兩岸研究近代中國史學者重要的學術資源，但傳吳密察上任後，修改相關借閱規定，拒絕陸港澳學者調閱館藏，並將國內學者申請預約時間拉長為15天，一改過去到館「隨借隨看」模式，引發學界質疑。

吳密察解釋，改變規範的考量很單純，就是根據《政府資訊公開法》的規定，以及檔案局借閱資料的規範來調整國史館規範；他指出，國史館過去一直沒有落實《政府資訊公開法》相關規範，讓主管檔案的各個單位規範不一，這是不對的，「總不能一國兩制」，因此他是朝向所有檔案機關一致的方向去調整，「法律已經有明文規定，國史館不能違法行事。」

為何將國內學者申請借閱檔案的時間拉長至15天？吳密察表示，這同樣是根據檔案局行之有年的規範照做，由於事涉機密、個人資料的檔案，需要主管機關逐件審查、准駁，因此需要有作業時間，檔案局規範是15天，因此國史館也跟從其規定。

他也說，目前國史館初步是規範15天，但若施行後，國史館人力可配合，也會考慮將准駁規定縮短，畢竟方便學者借閱資料，當然也希望作業時間能縮短，愈快愈好。